詳細は下文章の「出力モジュールと出力モジュールの設定」にご参考してください。
http://help.adobe.com/ja_JP/aftereffects/cs/using/WS3878526689cb916558 66c1103a4f2dff7-79f4a.html
英語のビデオあり、手順操作でわかりやすで、参考を薦めです。
http://www.video2brain.com/en/lessons/faq-why-is-there-no-audio-sound- in-my-output-file?auto_play=1